醫生一般會根據癌細胞的種類、腫瘤的大小、數目、位置、擴散程度，以及患者的年齡、健康狀況和可承受副作用的程度等去決定治療方案。由於部分肝癌源自肝炎和肝硬化，患者的肝功能往往因病削弱，以致身體狀況未能承受一般癌症的常用療法，所以醫生一般會使用特別的療法醫治肝癌。

手術切除是治療肝癌最理想的做法。如患者情況不適合進行切除手術，醫生一般會使用局部治療，務求儘量保留肝臟健全的部分，例如利用消融治療消滅癌細胞，或把化療藥物和放射性物質送入腫瘤範圍施治，避免影響健全部分的肝臟。

  手術切除（surgery）

  消融治療（ablation therapy）

  高強度聚焦超聲波治療 (high intensity focused ultrasound, HIFU)

  肝動脈化學栓塞術（transarterial chemoembolization, TACE）

  放射栓塞（radioembolization）
適用於： 原發性及轉移性肝癌。
風險： 疲倦、易感染、噁心嘔吐。

  肝臟移植（liver transplant）
適用於： 腫瘤直徑小於六厘米、癌細胞未擴散。
風險：身體可能排斥外來器官。

  標靶治療（targeted therapy）
適用於： 無法進行切除手術、消融治療或經動脈化療栓塞術的肝癌患者。
風險： 與化療大致相同，但反應一般較輕，包括疲倦、噁心、腹瀉、食慾不振、脫髮、高血壓、鼻或牙齦出血、皮膚乾燥痕癢、手腳掌腫痛起泡。