肝硬化的原因包括長期酗酒，但只有少數人會發展成為原發性肝癌

肝炎病毒也會增加肝硬化以至肝細胞癌的風險。慢性的乙型(或稱B型)、丙型(C)，都有這種風險

因為體內積聚過量的鐵質，間接增加肝細胞癌的風險。但這種情況比較罕見

在溼熱的氣候下，花生和食物發霉後產生的黃曲霉毒素(aflatoxin)，也是形成肝細胞癌的一個主因

避孕藥也可能略增患得肝癌的風險。過去被視為與癌症有關聯的避孕藥現在都不再製造。雖然現在銷售的避孕藥成分與前不同，但會否與肝癌有關，仍是未知數

與肝細胞癌相比，膽管癌罕見得多。成因至今未明，只知道不時會在潰瘍性結腸炎的患者身上發現